Serafin Szota urodził się w Namysłowie i to tam stawiał swoje pierwsze piłkarskie kroki. W wieku trzynastu lat dołączył do Akademii Lecha Poznań, gdzie występował na poziomie Centralnej Ligi Juniorów. Później obrońca przeniósł się do Zagłębia Lubin, ale nie udało mu się zaliczyć debiutu w Ekstraklasie. Został wypożyczony do Odry Opole, a po udanym sezonie jego usługami zainteresowała się Wisła Kraków.

Po pół roku w Białej Gwieździe Szota znów trafił na wypożyczenie, tym razem do Stomilu Olsztyn. Później piłkarz wrócił do Wisły i zaczął grać w pierwszej drużynie. Zawodnik był też regularnie powoływany do młodzieżowych reprezentacji Polski - z kadrą trenera Jacka Magiery brał udział w Mistrzostwach Świata U-20 w 2019 roku.

W czerwcu 2022 roku Serafin Szota podpisał z Widzewem dwuletni kontrakt z opcją przedłużenia. Premierowy sezon w czerwono-biało-czerwonych barwach był dla defensora bardzo udany, a w jego trakcie zaliczył on 27 występów w PKO Bank Polski Ekstraklasie. Kolejny też zaczął w wyjściowym składzie, ale we wrześniu doznał kontuzji i musiał pauzować przez kilka miesięcy.