Lirim Kastrati przyszedł na świat w kosowskiej wsi Turjake, ale wychowywał się we włoskiej Padwie, gdzie również zaczął przygodę z piłką w lokalnym zespole San Paolo. W 2013 roku trafił do akademii słynnej AS Romy i w niej szkolił się przez pięć lat. Później podpisał kontrakt z Bologną. Tam występował w zespole U-19, z którym wygrał Torneo di Viareggio - jeden z największych młodzieżowych turniejów na świecie.

Całą późniejszą seniorską karierę spędził w węgierskim Ujpeszcie. Zadebiutował w nim w sezonie 2020/21 i od tego czasu regularnie reprezentował jego barwy. W klubie z Budapesztu rozegrał łącznie 98 oficjalnych meczów - głównie w krajowych zmaganiach, ale również w kwalifikacjach do Ligi Konferencji Europy. W 2021 roku obrońca mógł się cieszyć ze zdobycia Pucharu Węgier, w finale którego strzelił decydującego gola.

Na początku 2024 roku pochodzący z Kosowa prawy obrońca dołączył do Widzewa Łódź i podpisał z nim kontrakt ważny przez dwa lata. W jego barwach zadebiutował 11 lutego w starciu z Jagiellonią Białystok. Przez dwie rundy pojawił się na boiskach PKO Bank Polski Ekstraklasy 16 razy.