Marek Hanousek ma na swoim koncie 204 występy w czeskiej ekstraklasie - najwięcej w Dukli Praga. Pomocnik grał też w Viktorii Pilzno i MFK Karvina, a z tym pierwszym zespołem wywalczył mistrzostwo kraju 2012/13 i rywalizował w europejskich pucharach. Z tego drugiego przeniósł się natomiast do Widzewa.

W czerwono-biało-czerwonych barwach zadebiutował w derbach Łodzi w marcu 2021 roku. Początkowo wchodził z ławki rezerwowych, ale z czasem stał się kluczową postacią zespołu prowadzonego przez trenera Janusza Niedźwiedzia. W kolejnym sezonie pomógł mu awansować do PKO Bank Polski Ekstraklasie.

W elicie Hanousek również stanowił o sile drużyny, w wielu meczach nosił też opaskę kapitańską. Łącznie, przez trzy lata, zagrał w 96 ligowych spotkaniach. Zdobył w nich sześć bramek.