Pierwsze kroki w futbolu Krzysztof Mejer stawiał w Orle Głogowo. Później szkolił się w Akademii Młodego Piłkarza Czernikowo. Co ciekawe, urodzony w 2009 roku piłkarz zaliczył epizod w rozgrywkach futsalowych w barwach TAF-u Toruń.

Wiosną 2023 roku Mejer przeniósł się do Akademii Widzewa i wzmocnił zespół U-14. Później zbierał cenne doświadczenie w o rok starszej drużynie, z którą awansował do Centralnej Ligi Juniorów. Obecnie pomocnik również gra na poziomie centralnym, choć już w kategorii U-17. W rundzie jesiennej Widzewiak rozegrał jedenaście spotkań, w których zdobył dwa gole.

Krzysztof Mejer podpisał z Klubem kontrakt do 30 czerwca 2028 roku.