Carlos Isaac to piłkarz, który zdecydowaną większość kariery spędził na ojczystej ziemi. 27-latek zaczynał profesjonalną karierę w Atletico Madryt. Chociaż w barwach Los Colchoneros grał głównie w rezerwach, rozpoczynając w 2015 roku w klubowej akademii, może pochwalić się również dwoma występami w La Liga w pierwszym zespole. W sezonie 2017/18 wszedł na boisko w starciu z Deportivo La Coruna, a w następnej kampanii rozegrał cały mecz przeciwko Huesce.

W 2020 roku Carlos Isaac przeniósł się ze stolicy do Kraju Basków, do Deportivo Alaves. Stamtąd szybko trafił na wypożyczenie do grającego na zapleczu Primera Division Albacete Balompie. Spędził tam jeden sezon, występując w 24 meczach ligowych i raz w Pucharze Króla, notując jedną asystę.

W następnych dwóch kampaniach defensor reprezentował barwy Realu Oviedo i portugalskiej Vizeli. Łącznie w tym okresie zagrał 48 razy, strzelił trzy gole i asystował przy jednej bramce. W sezonie 2022/23 wrócił do Albacete i stał się podstawowym członkiem kastylijskiego zespołu.

Od sierpnia 2024 roku Carlos Isaac był graczem dziesiątej ekipy Segunda Division, czyli Cordoby. Pełnił tam kluczową rolę w drużynie prowadzonej przez Rafę Navarro. W obecnym sezonie rozegrał 17 meczów, strzelił gola i popisał się dwiema asystami.

Zimą 2026 roku Carlos Isaac podpisał dwuipółletni kontrakt z Widzewem Łódź.

Bilans statystyk obejmuje wszystkie oficjalne występy piłkarza w barwach Widzewa Łódź w rozgrywkach Ekstraklasy, I ligi i Pucharu Polski.