Wołąkiewicz jest wychowankiem klubów z Płońska, skąd trafił do młodzieżowych drużyn Amiki Wronki. Właśnie w Wielkopolsce nowy widzewiak spędził większość dotychczasowej kariery. Najpierw jako piłkarz wspomnianej Amiki, w której barwach w kwietniu 2006 roku zaliczył debiut w ekstraklasie.

Potem środkowy obrońca przeszedł do Lechii Gdańsk, z którą awansował w 2008 roku do ekstraklasy. Szybko stał się jedną z wiodących postaci w zespole z Pomorza, co potwierdziło zainteresowanie piłkarzem ze strony Franciszka Smudy, wtedy selekcjonera reprezentacji Polski przygotowującej się do udziału w turnieju Euro 2012.

W koszulce z białym orłem Wołąkiewicz zadebiutował 12 października 2010 roku w Montrealu, w towarzyskim meczu Polski z Ekwadorem (2:2). Kolejne występy w drużynie biało-czerwonych środkowy obrońca zaliczył w spotkaniach z Wybrzeżem Kości Słoniowej, Bośnią i Hercegowiną oraz Mołdawią.

Na tym zatrzymał się licznik jego meczów w narodowej kadrze, ale Hubert Wołąkiewicz nadal należał do czołowych defensorów w ekstraklasie. Od wiosny 2011 roku grał już w Lechu Poznań, w którego barwach w sezonie 2014/2015 wywalczył mistrzostwo Polski.

Nowy obrońca Widzewa w tamtym sezonie grał tylko w rundzie jesiennej, bo wiosną 2015 roku postanowił spróbować sił, podobnie jak cztery lata pózniej Sebastian Rudol, w lidze rumuńskiej. Z Astry Giurgiu wrócił po pół roku. Jednak nie do poznańskiego Lecha, ale do Cracovii, gdzie przez dwa sezony (2015/16-2016/17) był podstawowym zawodnikiem i rozegrał 58 kolejnych meczów w ekstraklasie. Łącznie w najwyższej klasie rozgrywkowej zanotował 230 spotkań, w których zdobył 9 bramek.

Ostatnie lata piłkarskiej kariery Huberta Wołąkiewicza to gra w pierwszoligowej Chojniczance Chojnice. W jej barwach zagrał w 61 meczach, strzelając na pierwszoligowych boiskach 7 goli. Co ciekawe, wszystkie trafienia zaliczył po strzałach z rzutów karnych.

- Długo się nie zastanawiałem. Widzew to uznana firma. Poza tym podoba mi się pomysł na ten klub i plany na przyszłość. Póki mam zdrowie chciałbym pomóc, udowodniając przy tym, że nadal stać mnie na dobrą grę. Jestem cały czas w treningu. W Widzewie przeszedłem komplet badań, więc nie ma przeciwwskazań, żebym grał - przyznał Wołąkiewicz, który z Widzewem podpisał półroczny kontrakt.