Wojciech Pawłowski jest wychowankiem Bałtyku Koszalin. Znany jest jednak przede wszystkim z gry w Lechii Gdańsk, w barwach której zadebiutował w ekstraklasie. W sezonie 2011/2012 wystąpił w 16 meczach na najwyższym szczeblu rozgrywkowym, osiem razy zachowując czyste konto, czym szybko zapracował na transfer do włoskiego Udinese Calcio. Nie dostał jednak szansy debiutu w Serie A, a po kolejnych wypożyczeniach, między innymi do Śląska Wrocław, wrócił na stałe do kraju. Ostatnio był zawodnikiem Górnika Zabrze. Po tym, jak skończył się jego kontrakt, stał się wolnym zawodnikiem. W Pawłowski piątek rozpoczął treningi z pierwszą drużyną Widzewa Łódź.