Mazurski Klub Sportowy Ełk pod tą nazwą figuruje od roku 2015 i powstał z połączenia MKS Mazur Ełk oraz Płomienia Ełk. Pierwszy z tych klubów miał za sobą prawie 70 lat historii. Mazur Ełk założony został w 1946 i figurował jako Wojskowy Klub Sportowy Mazur Ełk. Drużyna na przestrzeni kilku lat zmieniała jeszcze nazwę i dopiero w 1955 roku przyjęła nazwę Mazur Ełk.

Mazur na przestrzeni swojej całej historii nie odniósł jednak zbyt wielu sukcesów na krajowym podwórku. Drużyna nie grała wyżej niż na trzecim poziomie rozgrywkowym. Dziewięciokrotnie zespoł był o włos od awansu, rywalizując w barażu o awans do drugiej ligi, lecz ostatecznie nie zdołał osiągnąć celu. Klub rywalizował również dwukrotnie w Pucharze Polski na szczeblu centralnym (w sezonie 1961/1962 oraz 1968/1969). Dwukrotnie udało mu się dotrzeć do 1/16 finału, odpadając odpowiednio z Ruchem Chorzów i Gwardią Warszawa.

Płomień zaś ma bardzo krótką historię, gdyż został utworzony w 1996 roku. Klub początkowo nazywał się Płomień Woszczele, aby po dwóch latach przenieść się do Ełku. Czterokrotnie występował na czwartym poziomie rozgrywkowym (2005/2006, 2006/2007, 2007/2008, 2012/2013). 

Połączone siły Mazura i Płomienia w minionym sezonie do końca walczyły o czołową lokatę w trzeciej lidze podlasko-warmińsko-mazurskiej. Klub z Ełku uzbierał 78 punktów, przegrywając jedynie cztery z trzydziestu czterech spotkań. Czołowymi strzelcami drużyny byli Kamil Jackiewicz oraz Patryk Gondek. Obaj jednak nie będą w najbliższym sezonie bronić barw MKS. Pierwszy odszedł do ligowego rywala - Finishparkiet Drwęcy Nowe Miasto Lubawskie, a drugi przeniósł się do MKS Kluczbork. Duet zdobył współnie trzydzieści cztery bramki.

Klub korzysta ze stadionu miejskiego w Ełku. Obiekt przystosowany do organizowania imprez sportowych, sportowo-rekreacyjnych, imprez masowych oraz zajęć treningowych. Na stadionie znajduje się boisko o naturalnej nawierzchni trawiastej do gry w piłkę nożną (105 m x 68 m), a pojemność trybun wynosi 2642 miejsca siedzące, w tym ok. 1600 pod dachem.