25-letni pomocnik przeszedł do Widzewa z Pogoni Grodzisk Mazowiecki przed sezonem 2016/2017. Jest wychowankiem KS Piaseczno, w trakcie swojej kariery bronił także barw Polonii Warszawa i Bytovii Bytów.

W tym sezonie w 27 występach w Widzewie Mateusz Michalski zdobył 13 goli.