Bartłomiej Niedziela swoją przygodę z piłką rozpoczynał w Pilicy Białobrzegi, gdzie - z przerwą na krótki epizod w Polonii II Warszawa - występował aż do końca sezonu 2005/2006. Z macierzystego klubu trafił do Ruchu Wysokie Mazowieckie, a następnie do występującej w Ekstraklasie Jagiellonii Białystok. W najwyższej klasie rozgrywkowej zaliczył 22 mecze.

Kolejne sezony urodzony w Grójcu pomocnik spędził już na boiskach I ligi, broniąc barw Górnika Łęczna, Floty Świnoujście i Arki Gdynia. Od sezonu 2014/2015 był zawodnikiem Chojniczanki Chojnice -  w klubie tym zagrał w 61 spotkaniach I ligi, zdobywając przy tym 4 bramki.